Arrivée à l’usine, les produits sont lavés et triés et les techniciens vérifient la qualité des produits (température, état visuel). Des prélèvements et des analyses microbiologiques sont réalisés régulièrement sur les matières premières et les produits finis dans son laboratoire d'auto-contrôle. La COPEFRITO fait aussi appel aux analyses de l’Institut Pasteur pour compléter ses auto-contrôles et obtenir les documents nécessaires à chaque exportation.

Agréée pour l'export vers l'union européenne (agrément MAD 199 SV), l’usine et les navires de pêches COPEFRITO se conforment aux procédures HACCP de traitement et de transformation.

Le contrôle de la qualité s'effectue depuis la collecte, dans les villages de pêcheurs, et jusqu'à l'exportation. Des techniciens de la qualité passent régulièrement dans les villages pour mesurer la température au cœur des produits avant collecte par les camions et la propreté des glacières.

Le respect de la qualité des produits passe avant tout par le respect de la chaîne du froid de la collecte à l’exportation. C’est pourquoi la COPEFRITO suit la température des produits tout au long de chaîne de production.

Des procédures et des consignes rigoureuses sont mises en place pour assurer une hygiène permanente au sein de la COPEFRITO. Le personnel est régulièrement formé aux règles d'hygiènes, ce qui complète les procédures de nettoyage et de désinfection des matériels et des locaux.
 
Le suivi médical des employés est systématique et complète les contrôles quotidiens (contrôle visuel et contrôle bactériologique des mains), nécessaires pour vérifier l'efficacité du lavage des mains et des effets vestimentaires.